CHIRP

时间:2018-10-30浏览次数:2577

RNA绑定的DNA和蛋白相互作用:CHIRP


实验意义

lncRNA可与蛋白质、DNA和RNA相互作用,实现多样化功能,CHIRP可以探讨lncRNA与其互作的DNA、蛋白质的功能与作用机制,是相关科学研究工作的有力工具。lncRNA的研究在表观遗传调控等生命活动中发挥重要作用,CHIRP是研究lncRNA的重要技术手段,可在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作,并对其进行定性、定量及定位的分析。


实验原理及流程

CHIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是通过结合生物素的核酸探针,将目标RNA拉下来,与之共同作用的DNA染色体片段(DNA与蛋白质复合体)就会被吸附下来,最后可以通过qRT-PCR、WB、测序分析和质谱分析等检测RNA、DNA和蛋白质。CHIRP的流程主要是①探针设计:设计反义寡核苷酸探针;②细胞培养;③破碎细胞;④生物素标记的DNA探针与RNA杂交;⑤CHIRP;⑥RNA、DNA及核酸结合蛋白提取;⑦分析检测。


结果展示[1]

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实验完成周期及交付标准

1. 实验周期:1-3个月

2. 交付标准:CHIRP鉴定结果报告、分析报告、实验报告(试剂、耗材、实验步骤)、原始数据等

 

实验需与客户确认的信息

1. 目的基因与蛋白信息。

2. 样本类型与种属

3. 是否需要生信分析

 

参考文献

[1] Iyer S , Modali S D , Agarwal S K . The Long Non-Coding RNA MEG3 is an Epigenetic Determinant of Oncogenic Signaling in Functional Pancreatic Neuroendocrine Tumor Cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2017:MCB.00278-17.

[2] Chu C , Chang H Y . Understanding RNA-Chromatin Interactions Using Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP).[J]. Methods in Molecular Biology, 2016, 1480.

[3] Zhu J J , Fu H J , Wu Y G , et al. Function of lncRNAs and approaches to lncRNA-protein interactions[J]. Science China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.


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