CLIP

时间:2018-10-30浏览次数:4617

蛋白质与RNA的互作:CLIP


实验意义

研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,可以揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平和转录组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的技术,也可应用于micro RNA的靶标鉴定。


实验原理及流程

紫外交联免疫沉淀(Crosslinking-Immunoprecipitation, CLIP)的原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生偶联,然后用RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合物通过免疫沉淀进行富集,然后分离RNA和RNA结合蛋白,对其进行qRT-PCR、WB、高通量测序和质谱鉴定等方法进行检测,经高通量测序后可通过生物信息学处理总结规律,从而探究RNA分子与RNA结合蛋白的调控作用。

 clip1.png

结果展示[1]

 clip2.png


clip3.png

 

实验完成周期及交付标准

1. 实验周期:1-3个月

2. 交付标准:CLIP鉴定结果报告、分析报告、实验报告(试剂、耗材、实验步骤)、原始数据等

 

需确认的信息

1. 目的基因与蛋白信息。

2. 样本类型与种属

3. 是否需要生信分析

 

参考文献

[1] Zhang Z , Xing Y . CLIP-seq analysis of multi-mapped reads discovers novel functional RNA regulatory sites in the human transcriptome[J]. Nucleic Acids Research, 2017.

[2] Yang Y C T , Di C , Hu B , et al. CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions[J]. BMC Genomics,16,1(2015-02-05), 2015, 16(1):1-8.

[3] Stork C , Zheng S . Genome-Wide Profiling of RNA–Protein Interactions Using CLIP-Seq[J]. Methods Mol Biol.


图片1.png

汇聚科研工匠·引领医学转化

上一篇:EMSA

下一篇:CHIRP