DNA甲基化

甲基化检测

DNA的甲基化（Methylation）是最早发现的基因表观修饰之一，甲基化仅修饰胞嘧啶，DNA的甲基化修饰是在DNA甲基化转移酶的作用下使CpG双核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶，由于CpG岛主要位于基因的启动子和第一外显子区域，其甲基化修饰通常抑制基因的表达，去甲基化后基因重新活化和表达。DNA甲基化修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。

主要检测方式

1. MSP: 甲基化特异性PCR（Methylation-specific PCR）即用亚.硫.酸氢盐处理基因组DNA，未甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，甲基化的胞嘧啶不会发生改变，设计针对甲基化序列的引物进行PCR扩增，然后通过电泳等检测手段检测MSP扩增产物来确定位点是否存在甲基化。

2. BSP：亚.硫.酸.氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR）与MSP相似，用亚.硫.酸.氢盐将未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶，设计BSP引物进行PCR，扩增中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，对PCR产物进行测序来判断CpG位点是否甲基化。

3. HRM：高分辨率溶解曲线法（High Resolution Melting）原理也是用亚.硫.酸氢盐处理，未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增变成胸腺嘧啶，样品中的GC含量发生变化从而溶解温度发生变化，从而确定位点是否发生甲基化。

基于限制性内切酶的测序方法：

1. 靶向富集甲基化位点的测序方法

2. SMRT测序法

结果展示

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: Si

Note: 

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: NC

Note: 

实验完成周期及交付标准

1. 实验周期：3-5周

2. 交付标准：甲基化检测结果、实验报告(实验步骤、试剂、仪器等）

需确认的信息

1. 目的基因及种属

2. 样本类型（细胞、组织、血液等）

3. 目的基因片段

参考文献

[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth, carcass, and meat quality traits in a Duroc multigenerational population[J]. Bmc Genetics, 2016, 17(1):60.

[2] Ichikawa K , Tomioka S , Suzuki Y , et al. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):1833.

[3] Yang Y , Scott S A . DNA Methylation Profiling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing (SMRT-BS)[J]. Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.

[4] Yang Y , Sebra R , Pullman B S , et al. Quantitative and multiplexed DNA methylation analysis using long-read single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).[J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.

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