DNA甲基化

时间:2021-09-28浏览次数:222

甲基化检测

DNA的甲基化(Methylation)是最早发现的基因表观修饰之一,甲基化仅修饰胞嘧啶,DNA的甲基化修饰是在DNA甲基化转移酶的作用下使CpG双核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶,由于CpG岛主要位于基因的启动子和第一外显子区域,其甲基化修饰通常抑制基因的表达,去甲基化后基因重新活化和表达。DNA甲基化修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。


主要检测方式

1. MSP: 甲基化特异性PCR(Methylation-specific PCR)即用亚.硫.酸氢盐处理基因组DNA,未甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,甲基化的胞嘧啶不会发生改变,设计针对甲基化序列的引物进行PCR扩增,然后通过电泳等检测手段检测MSP扩增产物来确定位点是否存在甲基化。

2. BSP:亚.硫.酸.氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR)与MSP相似,用亚.硫.酸.氢盐将未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶,设计BSP引物进行PCR,扩增中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶,对PCR产物进行测序来判断CpG位点是否甲基化。

3. HRM:高分辨率溶解曲线法(High Resolution Melting)原理也是用亚.硫.酸氢盐处理,未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增变成胸腺嘧啶,样品中的GC含量发生变化从而溶解温度发生变化,从而确定位点是否发生甲基化。


基于限制性内切酶的测序方法:

1. 靶向富集甲基化位点的测序方法

2. SMRT测序法


结果展示

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: Si

Note: 


Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: NC

Note: 

实验完成周期及交付标准

1. 实验周期:3-5周

2. 交付标准:甲基化检测结果、实验报告(实验步骤、试剂、仪器等)

需确认的信息

1. 目的基因及种属

2. 样本类型(细胞、组织、血液等)

3. 目的基因片段

参考文献

[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth, carcass, and meat quality traits in a Duroc multigenerational population[J]. Bmc Genetics, 2016, 17(1):60.

[2] Ichikawa K , Tomioka S , Suzuki Y , et al. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):1833.

[3] Yang Y , Scott S A . DNA Methylation Profiling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing (SMRT-BS)[J]. Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.

[4] Yang Y , Sebra R , Pullman B S , et al. Quantitative and multiplexed DNA methylation analysis using long-read single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).[J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.


晶莱生物服务流程


晶莱生物实验服务项目

动物实验细胞生物学病理实验
消化系统模型细胞培养病理染色
胃酸分泌模型普通细胞株HE染色
脓毒症模型细胞缺氧培养油红O染色
胃溃疡模型细胞培养+支架番红固绿染色
胰腺炎模型干细胞培养Masson染色
肝纤维化模型原代细胞分离/提取/培养天狼猩红染色
DIO肥胖模型细胞转染/病毒感染PAS糖原染色
胆结石模型Trans well共培养阿利新蓝染色
结肠炎(UC)模型细胞增殖甲苯胺蓝染色
脂肪肝模型细胞计数尼氏染色
急性肝损伤模型生长曲线测定LFB髓鞘染色
免疫、代谢系统疾病模型存活曲线测定普鲁士蓝染色
骨质疏松模型ccK-8增殖检测VG染色
糖尿病模型MTT增殖检测EVG染色
高尿酸血症模型CFSE检测增殖-流式检测VonKossa染色
呼吸系统模型BrDU检测-免疫荧光法刚果红染色
肺纤维化模型细胞凋亡苏丹黑B染色
慢性肺阻塞模型Annexin V/PI流式检测细胞凋亡Trap染色
急性肺损伤模型WB检测凋亡相关蛋白抗酸染色
哮喘模型透射电镜观察凋亡小体革兰氏染色
肺栓塞模型Tunel染色(POD法,DAB显色)AB-PAS染色
支气管炎模型Tunel(荧光法,含试剂盒)亚甲基蓝染色
泌尿生殖系统模型DNA ladder法苯胺蓝染色
慢性肾衰模型细胞周期荧光 DAPI染色
急性肾衰模型细胞显微计数普鲁士蓝染色
肾间质纤维化模型PI染色间苯二酚碱性品红染色
肾结石模型BrdU渗入法银染
肾炎模型免疫荧光染色黑色素染色
子宫内膜异位症模型PI流式检测细胞周期镀银染色
心血管系统模型细胞运动PASM 六胺银染色
冠心病模型Transwell检测细胞迁移VG染色
心肌梗死模型Transwell检测细胞侵袭富尔根染色
心脏骤停模型细胞划痕亚甲基蓝染色
慢性心力衰竭模型细胞克隆碘-碘化钾染色
动脉粥样硬化模型集落形成法/稀释铺板方法Goldner三色法染色
白血病模型软琼脂克隆法PAS-萘酚磺S染色
高血压模型毛细管克隆法改良苯酚品红染色
神经系统模型体外实验血管生成网状纤维染色
脑卒中模型磁珠分选细胞β-半乳糖苷酶染色
栓塞性脑梗死模型流式分选细胞镀银染色
脑出血模型开机费movat五色染色
脑损伤模型单色维多利亚蓝染色
脊髓损伤模型双色免疫组化
帕金森模型CBA多细胞因子流式检测免疫组化预式
老年痴呆模型组织/血液细胞制备免疫组化正式
应激模型组织单细胞制备免疫荧光(石蜡-单标)
骨骼疾病模型中性粒细胞提取免疫荧光(石蜡-双标)
骨折模型其他样本细胞制备(如血液等)免疫荧光(石蜡-三标)
骨缺损模型外周血PBMC分离免疫荧光(冰冻-单标)
风湿免疫性关节炎模型线粒体组学免疫荧光(冰冻-双标)
骨关节炎模型线粒体膜电位检测-流式法制片前处理
五官疾病模型线粒体膜电位检测-免疫荧光法石蜡组织包埋
眼科疾病模型线粒体ROS生物含量检测--流式特殊包埋(细胞、材料、眼球等)
鼻腔疾病模型线粒体ROS生物含量检测--免疫荧光软化(肝硬化、皮肤结痂、植物等)
皮肤疾病模型线粒体通透性转换孔(mPTP)骨组织脱钙(小)
皮肤损伤模型溶酶体免疫荧光法骨组织脱钙(大)
肿瘤疾病模型线粒体+溶酶体共定位骨组织EDTA脱钙(小)
原位瘤模型内质网骨组织EDTA脱钙(大)
转移瘤模型线粒体钙瞬时变化检测-流式石蜡白片
皮下植瘤模型ATP检测细胞爬片

ADP检测

AMP检测



流式DNA/RNA半定量检测基因编辑工具
组织细胞悬液处理pcr检测mRNA合成(3保1)片段/质粒/引物合成
细胞处理microRNA检测质粒载体构建
血液标本处理LncRNA表达量的检测过表达腺病毒载体构建包装
细胞刺激培养CirRNA表达量的检测shRNA腺病毒载体构建包装
单色检测凝胶电泳过表达慢病毒载体构建包装
双色检测基因合成shRNA慢病毒载体构建包装
Annexin V/PI凋亡<300过表达腺相关病毒载体构建包装
细胞周期300-1,500shRNA腺病毒载体构建包装

1500 - 5000稳转细胞株

>5000

特殊序列



ELISAWBqPCR
组织匀浆处理蛋白提取及定量一RNA抽提
ELISA(不含试剂盒)48T/kitWB检测一(10孔膜/指标)mRNA引物设计及合成
ELISA(不含试剂盒)96T/kit灰度值分析及作图一(10孔膜/指标)miRNA引物设计及合成
ELISA(含国产试剂盒)48T/kit蛋白提取及定量二LncRNA引物设计及合成
ELISA(含国产试剂盒)96T/kitWB检测二(10孔膜/指标)CircRNA引物设计及合成

灰度值分析及作图二(10孔膜/指标)mRNA RT-qPCR


miRNA RT-qPCR


LncRNA RT-qPCR


CircRNA RT-qPCR



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