晶莱生物之circRNA

       近年来，非编码RNA研究领域中百花齐放，精彩纷呈，circRNA作为该领域中的新宠，研究热度正处于一个持续上升的趋势。

       circRNA的特点包括：

           1) circRNA分子呈封闭环状结构，无游离5＇和3＇末端，不易被核酸外切酶RNaseR降解，比线性RNA更加稳定；

           2) 广泛存在于真核生物中，部分环状RNA 表达量较高，有时甚至超过它们线性异构体的10倍之多；

           3) 大多数来源于外显子，少部分由内含子直接环化形成；

           4) 长度约200-2000bp, 主要长度分布在500bp左右；

           5) circRNA 大部分存在于细胞质中，但少部分内含子来源的circRNA则存在于细胞核内。circRNA水平具有组织、时序和疾病特异性；

           6) circRNA具有高度保守性。circRNA的这些特点（尤其是稳定性和进化上的保守性）使circRNA比lncRNA的研究更具优势，这也是circRNA研究越发火热的重要原因之一。

       纵览circRNA文献，circRNA的研究套路：从一个生物学问题出发，首先筛选候选circRNA；再通过临床样本/动物模型/细胞表达验证，建立circRNA和生物学问题的关联；然后进行circRNA的生物学功能分析（gain/loss of function体外体内分析）；最后进行机制解析（circRNA的靶标、以及靶标的靶标：如circRNA吸附miRNA，再调控miRNA的靶基因，通常涉及RNA Pulldown、RIP、luciferase assay等系列实验）。

       至今，circRNA研究领域仍是一个充满了潜力的大宝库。每一个研究领域、研究方向都有发现新的circRNA功能的可能性。因而首先要从你的研究方向入手，找到属于你的circRNA。

       第一步通过高通量的检测手段（芯片或测序）或对现有数据库的生物信息学分析，筛选在某种特定条件下与疾病特异性表达相关的circRNA。

       第二步通过其他手段（RT-PCR、RNA-FISH、RACE、Northen Blot等）验证筛选到的候选circRNA。

       第三步体内体外实验验证circRNA的功能（包括细胞水平和动物/临床样本水平的表达分析；进一步的gain/loss of function分析）；

       第四步机制研究，常见的circRNA的功能机制包括

          ①作为miRNA的“sponge”，吸附miRNA调节miRNA靶基因的表达；

          ②通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平调节基因表达；

          ③与蛋白质/RNA结合，募集蛋白质复合体的组分或调控基因表达；

          ④翻译成多肽，参与细胞信号通路的调节。