晶莱生物之DAVID分析

DAVID（the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）(网址http://david.abcc.ncifcrf.gov/) 是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。

在使用DAVID提供的分析工具时，用户需提供基因列表，选择基因背景文件，使用适当的分析工具，提取该列表中含有的生物信息。

对于富集分析而言，一般情况下，含大量基因的列表有更高的统计意义，对富集程度高的特殊terms有更高的敏感度，富集分析产生的p-value在相同或数量相同的基因列表中具有可比性。DAVID为实现各项功能分析，提供了4个分析模块：

1. Functional Annotation：DAVID最核心的分析内容，包含了三个子工具。

      ①Functional Annotation Chart，提供gene-term富集分析，注释范围包括GO、KEGG，蛋白相互作用、蛋白功能区域、疾病相关、生物代谢通路等超过40种，结果中以基因列表中富集的Terms为对象，按照p-value排列，同时链接指向更多信息。

      ②Functional Annotation Clustering，基于注释共同出现的程度作聚类，对被注释上的Terms作聚类。分值越高代表该组内的基因在基因列表中越重要。

      ③Functional Annotation Table实现基因的功能注释，将输入列表中的每个基因在选定数据库中的注释以表格形式呈现。

2.Gene Functional Classification:　基于基因共同的注释信息，采用全新的模糊聚类算法，能够实现将功能相关的基因聚到一起作为一个单元，在生物学网络水平上去研究这些基因群。对聚类结果打分，分值越高，代表该组内的基因在基因列表中越重要。同时还提供了2D View，以热图形式展现聚类到同一组的基因和该组内各个Term之间的关系。

3.Gene ID conversion：实现将不同数据库的基因标识间的转换，包含NCBI，PIR和Uniprot/Swissprot等重要数据库的基因标识信息。

4. Gene Name Batch Viewer:这个工具能够实现将基因ID迅速翻译成基因名称，从而给研究者对于基因ID列表一个直观印象，初步判断基因列表是否符合要求目的。