甲基化检测

时间:2018-10-30浏览次数:969

甲基化检测

DNA的甲基化(Methylation)是最早发现的基因表观修饰之一,甲基化仅修饰胞嘧啶,DNA的甲基化修饰是在DNA甲基化转移酶的作用下使CpG双核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶,由于CpG岛主要位于基因的启动子和第一外显子区域,其甲基化修饰通常抑制基因的表达,去甲基化后基因重新活化和表达。DNA甲基化修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。


主要检测方式

1. MSP: 甲基化特异性PCR(Methylation-specific PCR)即用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,未甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,甲基化的胞嘧啶不会发生改变,设计针对甲基化序列的引物进行PCR扩增,然后通过电泳等检测手段检测MSP扩增产物来确定位点是否存在甲基化。


2. BSP:亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR)与MSP相似,用亚硫酸氢盐将未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶,设计BSP引物进行PCR,扩增中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶,对PCR产物进行测序来判断CpG位点是否甲基化。


3. HRM:高分辨率溶解曲线法(High Resolution Melting)原理也是用亚硫酸氢盐处理,未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增变成胸腺嘧啶,样品中的GC含量发生变化从而溶解温度发生变化,从而确定位点是否发生甲基化。


基于限制性内切酶的测序方法:

靶向富集甲基化位点的测序方法

SMRT测序法

 

结果展示

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: Si

Note: 

甲基化1.png

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: NC

Note: 

甲基化2.png

实验完成周期及交付标准

1. 实验周期:3-5周

2. 交付标准:甲基化检测结果、实验报告(实验步骤、试剂、仪器等)

 

需确认的信息

1. 目的基因及种属

2. 样本类型(细胞、组织、血液等)

3. 目的基因片段

 

参考文献

[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth, carcass, and meat quality traits in a Duroc multigenerational population[J]. Bmc Genetics, 2016, 17(1):60.

[2] Ichikawa K , Tomioka S , Suzuki Y , et al. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):1833.

[3] Yang Y , Scott S A . DNA Methylation Profiling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing (SMRT-BS)[J]. Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.

[4] Yang Y , Sebra R , Pullman B S , et al. Quantitative and multiplexed DNA methylation analysis using long-read single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).[J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.


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