PRM

时间:2018-10-30浏览次数:2088

平行反应监测技术(PRM)

PRM是一种基于高分辨、高精度质谱的离子监视技术,能够对目标蛋白质、目标肽段(如发生翻译后修饰的肽段)进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质/肽段进行绝对定量。PRM技术基于Q-Orbitrap为代表的高分辨、高精度质谱平台,首先利用四级杆质量分析器的选择能力,用Q1选择目标肽段的母离子,随后在collision cell 中对母离子进行碎裂,最后利用Orbitrap分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片信息。这样即可对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。


实验意义

PRM技术是针对无抗体蛋白的验证新技术,用于label free, iTRAQ, TMT, SILAC等相对定量蛋白质组数据的验证,或对复杂样本中的目标蛋白质进行靶向定量分析。


实验步骤  

用PRM进行蛋白质组数据验证的一般步骤为:

PRM步骤图.png

用PRM对特定蛋白质进行相对/绝对定量的一般步骤为:

PRM步骤图2.png

 

结果展示  

PRM.png


实验完成周期及交付标准

1. 实验周期:一般PRM时间为:5-10天

2. 交付标准:

组学验证

① 主要仪器、试剂和实验方法;

② PRM目标离子信息:肽段序列和定量子离子;

③ 方法学重复性评价:三次技术重复的色谱峰面积相对标准偏差(RSD)(预实验结果)

④ 实验结果:二级图谱,XIC图谱,原始峰面积强度值,矫正后的相对表达量,两组样本间的相对比值,t test p值。


相对/绝对定量

① 主要仪器、试剂和实验方法;

② PRM目标离子信息:肽段序列和定量子离子;

③ 方法学评价:相对定量的重复性评价—测试样本的三次技术重复的色谱峰面积相对标准偏差(RSD)(预实验结果);绝对定量的方法学评价—标准品XIC图谱,LOD,LOQ,线性        范围,6个稀释梯度得到的标准曲线及线性公式(每个稀释度有3次技术重复)

④ 实验结果:相对定量—二级图谱,XIC图谱,原始峰面积强度值,矫正后的相对表达量,两组样本间的相对比值,t test p值; 绝对定量—二级图谱,XIC图谱,原始峰面积强度值,    根据标准曲线计算得到的蛋白质浓度之,两组样本间的相对比值,t test p值

 

需确认的信息

1. 样品:如果样品为蛋白质溶液,蛋白质总量≥300mg; 如果是组织样品,样品总量≥0.1g; 如果是细胞样品,细胞数量≥107个;如果是体液样品,血清≥200ml,脑脊液≥200ml,尿液≥1ml,泪液≥1ml。

2. 样品采集过程中使用到塑料制品时,尽量使用无色进口产品,以减少塑料制品中杂质对质谱检测的影响。


文献参考 

[1]  Navin Rauniyar. Parallel Reaction Monitoring: A Targeted Experiment Performed Using High Resolution and High Mass Accuracy Mass Spectrometry. Int J Mol Sci. 2015 Dec; 16(12): 28566–28581.

[2] Amelia C. Peterson, et al. Parallel Reaction Monitoring for High Resolution and High Mass Accuracy Quantitative, Targeted Proteomics. Mol Cell Proteomics. 2012 Nov; 11(11): 1475–1488.


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