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晶莱生物之circRNA数据库

时间:2019-08-09 阅读:116

      环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子(在活体中有时也有表达),也是RNA领域的研究热点。与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。


       在功能上,近年的研究表明,circRNA分子富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵( miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平;这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。


       通过与疾病关联的miRNA相互作用, circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。科研人员目前可以从circbank数据库进行检索分析,数据库目前整合了人类全基因组140790条circRNA相关信息,提供友好检索界面,主要提供以下7种功能:


       ▶ circRNA提供标准化命名体系(140790条人类circRNA);


       ▶  提供circRNA-miRNA结合位点预测结果;


       ▶  circRNA跨物种保守性分析(人与小鼠);


       ▶  circRNA的M6A修饰相关数据;


       ▶  circRNA突变位点注释(关联了cosmic突变数据);


       ▶   circRNA蛋白编码潜能和IRES位点预测;


       ▶  提供circRNA的UCSC基因组trackhub(实现全基因组circRNA数据可视化)


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